פרופ' יונתן הלוי מנהל מאז שנת 1988 את המרכז הרפואי שערי צדק בירושלים, ומנהל היחידה לאשפוז פנימי בבית החולים.
הלוי הינו בוגר הפקולטה לרפואה ע"ש סאקלר בתל אביב והוא מומחה לרפואה פנימית, למחלות דרכי העיכול ולמינהל רפואי.
הלוי כיהן כיו"ר המרכז הלאומי להשתלות איברים בישראל בין השנים 2000-2006 ובמקביל לתפקידו כמנכ"ל הוא עוסק בנושאי אבטחת איכות וניהול סיכונים ברפואה ומכהן כיו"ר הפורום לניהול סיכונים בחברה לניהול סיכונים.
הלוי הוא פרופסור חבר לרפואה פנימית בפקולטה למדעי הבריאות באוניברסיטת בן-גוריון שבנגב.